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艾滋病會影響人體多個系統(tǒng)，主要影響免疫系統(tǒng)。艾滋病病毒進入人體內后，主要在免疫細胞內進行復制，引起免疫細胞破壞。從化驗檢查可看到患者免疫細胞逐漸減少，最終導致免疫系統(tǒng)崩潰，機體出現(xiàn)各種機會性感染和機會性腫瘤。

艾滋病病毒除使免疫系統(tǒng)受到損傷之后，其他系統(tǒng)也會受到損傷，如血液系統(tǒng)、神經系統(tǒng)。部分患者最早發(fā)現(xiàn)艾滋病因血液系統(tǒng)出現(xiàn)問題，如因血小板下降到醫(yī)院做檢查發(fā)現(xiàn)艾滋病。

另外，艾滋病病毒也可進入中樞神經系統(tǒng)，引起中樞神經系統(tǒng)相應損傷，臨床上稱HIV相關腦病，患者會出現(xiàn)神經系統(tǒng)損傷，導致癡呆癥狀。HIV病毒還可以引起心肌細胞、腎臟細胞損傷，而導致患者出現(xiàn)相應癥狀，如尿蛋白陽性、心肌炎等。