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復發(fā)性口腔潰瘍的病因較為復雜，目前并沒有明確、公認的病因，猜測的原因包括以下幾方面：

1、病原體感染：部分研究認為出現(xiàn)復發(fā)性口腔潰瘍與細菌、病毒感染有關，但目前沒有發(fā)現(xiàn)何種病原體與復發(fā)性口腔潰瘍的發(fā)作、患病有關；

2、免疫因素：免疫因素可能與復發(fā)性口腔潰瘍有關，但進行較多的免疫指標和抗體，目前沒有發(fā)現(xiàn)何種抗體與復發(fā)性口腔潰瘍的患者較為明確，患者可能與正常人相同，沒有致病抗體，因此也不認為此病屬于自身免疫性疾??；

3、內(nèi)分泌因素：部分女性患者在月經(jīng)期，可能出現(xiàn)口腔潰瘍，如果懷孕后可以停止生長，考慮與雌激素、孕激素有關，但也沒有得到較為肯定的結(jié)果；

4、微量元素缺乏：考慮還可能與鋅缺乏或者鐵缺乏有關，可能引起口腔潰瘍復發(fā)，經(jīng)過補鋅，具有治療的作用，但也不能非?？隙?。目前發(fā)現(xiàn)部分貧血患者，如果出現(xiàn)缺鐵性貧血，復發(fā)性口腔潰瘍復發(fā)會更加頻繁，但也不能明確相關的關系；

5、遺傳因素：目前發(fā)現(xiàn)復發(fā)性口腔潰瘍復發(fā)，與家族具有一定關系，一家人可能都會出現(xiàn)口腔潰瘍，后代出現(xiàn)口腔潰瘍的幾率較高。如果祖輩出現(xiàn)口腔潰瘍，子輩或者孫輩也容易出現(xiàn)口腔潰瘍，但也沒有明確在遺傳學上發(fā)現(xiàn)相關基因。

目前盡管進行較多研究、探討，但是目前并沒有公認的病因，因此復發(fā)性口腔潰瘍的病因尚未明確。