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乙腦主要通過蚊蟲叮咬傳播，包括庫蚊、伊蚊和按蚊的某些種類都能傳播本病，而三代庫蚊是主要的傳播媒介。三代庫蚊在我國分布廣泛，是最重要的蚊種之一，對人畜危害大。近年來，我國北方及云南先后從三代庫蚊中分離到數(shù)十株乙腦病毒，是帶病毒率最高的蚊種。在家禽的圈里這種蚊最多，當其叮咬感染乙腦病毒的動物，尤其是豬，病毒進入蚊體內(nèi)并迅速生長、繁殖，然后移行至唾液腺，并在唾液腺中保持較高濃度，經(jīng)叮咬將乙腦病毒傳染給人和動物。
由于蚊可以攜帶病毒越冬，并可經(jīng)卵傳代，所以蚊不僅成為傳播媒介，也是長期的儲存宿主。此外，被感染的候鳥、蝙蝠也是乙腦病毒的越冬宿主。人對乙腦病毒普遍易感，感染后多數(shù)呈隱性感染，顯性與隱性感染的比率為1:300，感染后可以獲得持久的免疫力。病例主要集中在十歲以下的兒童，以2-6歲發(fā)病率最高。