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兒童抽動癥的原因具體還不清楚，像Tourette障礙、慢性運動發(fā)聲、抽動障礙，以生物學因素，特別是遺傳因素為主要因素，短暫性的抽動障礙可能以生物學因素或心理因素為主要發(fā)病因素。如果以生物學因素為主，容易發(fā)展成為慢性的抽動障礙或者Tourette的障礙，如果以心理學因素為主，可能是短暫性的情緒反應，在短期內(nèi)可以自然消失。
遺傳家系調(diào)查發(fā)現(xiàn)，有10%-60%存在陽性家族史，具體遺傳方式還不清楚，目前認為是多基因遺傳。還有中樞神經(jīng)系統(tǒng)的損害，尤其產(chǎn)傷、并發(fā)癥、窒息、早產(chǎn)兒、低體重、Tourette障礙與多巴胺過度釋放、突觸后D2受體的超敏、去甲腎上腺素的功能異常，還有跟5-HT也是有關系，少數(shù)患者可以有腦萎縮、左側(cè)基底節(jié)縮小。心理因素，在家庭、學校、社會中遇到各種的心理因素，會引起兒童緊張，可能會誘發(fā)抽動癥癥狀，或者使抽動癥的癥狀加重。免疫，有研究報道發(fā)現(xiàn)，可能與β溶血性的鏈球菌感染引起的免疫有關。藥物，像中樞神經(jīng)系統(tǒng)有一些藥物，如抗精神病藥、中樞興奮劑，有可能會加重抽動的癥狀。