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CT薄層掃描的層厚是5mm，也可以利用重組層厚技術或者三維重建技術，把層厚變得更薄，可以達到3mm甚至是1mm。
正是由于層厚比較薄，可以減少部分容積效應，并且提高空間分辨率，所以薄層CT多用于觀察比較微小的病灶，或者比較小的組織器官。
常用的是肺部小結節(jié)的薄層掃描，特殊部位，比如腦垂體、眼眶、內耳以及腎上腺等，也可以做薄層掃描。
薄層掃描也有一定的缺點，就是輻射的劑量會相對高，所以普通患者常規(guī)體檢只需要做普通CT就可以，如果有問題時再做薄層掃描。