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1、肝功能檢查：堿性磷酸酶是本病最突出的生物化學異常，96%的患者可有堿性磷酸酶升高，通常較正常水平升高2~10倍，且可見于疾病的早期及無癥狀患者。血清谷酰轉肽酶亦可升高，但易受酒精、藥物及肥胖等因素的影響。谷丙轉氨酶和谷草轉氨酶通常為正?；蜉p至中度升高，一般不超過5倍正常值上限，如果患者的血清轉氨酶水平明顯升高，則需進一步檢查以除外其他病因。
2、自身抗體檢查：血清抗線粒體抗體是診斷原發(fā)性膽汁性肝硬化的特異性指標，尤其是抗線粒體抗體M2亞型的陽性率為90%~95%。但抗線粒體抗體陽性也可見于其他疾病，如自身免疫性肝炎患者或其他病因所致的急性肝功能衰竭(通常一過性陽性)。
3、血清免疫球蛋白M(IgM)檢查：IgM升高是原發(fā)性膽汁性肝硬化的實驗室特征之一，可有2~5倍的升高，甚至更高。但是IgM升高亦可見于其他多種疾病，包括自身免疫性疾病、感染性疾病等，因此缺乏診斷特異性。
4、腹部超聲檢查：腹部超聲檢查一般可以幫助患者排除脂肪肝的可能，以及可以觀察病變是否累計其他部位。
5、磁共振胰膽管成像：如果診斷不確定，尤其是抗線粒體抗體陰性、短期內膽紅素明顯升高或者超聲檢查結果可疑者，可行磁共振胰膽管成像，以除外原發(fā)性硬化性膽管炎或者其他大膽管病變。
6、肝組織活檢：抗線粒體抗體陽性并且具有典型臨床表現(xiàn)和生物化學異常的患者，肝活組織檢查對診斷并非必須。但是，對于抗線粒體抗體陰性者，或者轉氨酶異常升高的患者，需行肝穿刺活組織病理學檢查，以除外非酒精性脂肪性肝炎等疾病。此外，肝組織病理學檢查有助于疾病的分期及預后的判斷。
7、血常規(guī)：可以通過觀察血液中的中性粒細胞或者其他細胞來觀察患者是否存下病毒或者細菌的感染。
8、體格檢查：可以觀察患者身體部位是否出現(xiàn)了蜘蛛痣的情況，手掌部位是否存在肝掌，同時可以通過按壓小腿部位觀察是否存在水腫的情況。