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傷寒患者的病變位置主要集中在回腸下段，未被胃酸殺滅的部分傷寒沙門菌到達回腸下段，穿過黏膜上皮屏障侵入回腸集合淋巴結的單核巨噬細胞內(nèi)，繁殖形成初發(fā)病灶進一步侵犯腸系膜淋巴結，經(jīng)導管進入血液循環(huán)形成第一次菌血癥。此時臨床上處于潛伏期，傷寒沙門菌被單核巨噬細胞系統(tǒng)吞噬，繁殖后再次進入血液循環(huán)形成第二次菌血癥。
傷寒桿菌向肝、脾、膽、骨髓、腎和皮膚等器官組織播散，腸壁淋巴結出現(xiàn)髓樣腫脹、增生、壞死，臨床上處于初期和極期。在膽道系統(tǒng)內(nèi)大量繁殖的傷寒沙門菌隨膽汁排到腸道，一部分隨糞便排出體外，另一部分經(jīng)腸道黏膜再次侵入腸壁淋巴結，使原先致敏的淋巴組織發(fā)生更嚴重的炎癥反應，從而引起潰瘍形成。